第零话星杯骑士
这一次，我们的主角成为了这位绿头发的假面男，玩过SC的朋友们应该已经猜到他是谁了。离开宴会大厅，把走廊两侧的房间里面的宝箱都搜刮一遍，这些初始资源将可能为接下来的战斗提供巨大的帮助。走廊左侧第一个房间书架的角落可以读到小说《红耀石》。离开走廊之后经过甲板走到另一侧，进入之后一段剧情，开始调查房间。该房间内有五处机关，调查并按下地毯左角、盆栽、花瓶和桌子这四处即可打开隐蔽门，沙发下的机关一旦按下将会把所有已打开的机关清零，就要重新按下了。

按下机关后调查隐藏门旁边，选择输入第二组密码（这个密码其实来自SC终章），之后发生剧情，绿头发男子显露自己的真实身份——星杯骑士凯文·格拉汉姆。剧情战难度很低，凯文具有压倒性的实力，只需要不断地物理攻击就能轻易击败。战斗后沿着来时的路返回宴会厅，路上会发生多次剧情战，对手战斗力不高，凯文只需要不断地物理攻击，偶尔使用几次死亡制裁就能轻易击败对手，进入走廊后用魔法回满HP，走到尽头又是剧情战，敌方战斗力略有提升，只需要多用死亡制裁和物理攻击结合，瞄准一两个对手集中攻击就能获胜了。战斗后又是剧情，凯文离开飞行船，来到一艘国际定期船上。
定期船上跟所有NPC对话后切换场景时就会触发定期船到站的剧情，建议在此之前存一下档，接下来战斗中可能会陷入困境。漫长的剧情后，新的女主角莉丝加入队伍，进入跟基尔巴特的剧情战。基尔巴特本身的攻击力不高，但是会使用有一定几率冻结的战技，一旦两个人都被命中可能就会陷入危机，所以开场就全力攻击基尔巴特吧，此人HP不多，使用冻结战技的几率也不高。G-阿帕奇攻击力很强，不过速度很慢，击败基尔巴特之后慢慢就能磨死他。战斗后又是剧情，我们的两位主角被带入一个奇妙的空间。第零话结束。

第一话影之国
进入异空间的两个人被迫开始了对周围的探索。目前我们所在的地方是一个被称为“隐者之庭院”的据点，这里将成为今后的基地和补给站，所以要先熟悉一下这里。先走遍整个区域，发生剧情，之后再次调查中部的石碑（发生剧情，我方结晶回路全部破碎，PSP版继承过3rd通关存档的不会破碎），东南角的大树，南部的书库和西南角的泉水，如果有继承SC与3rd的通关存档的话在西南方的岔路还会得到通关奖励。今后，大树将是食材售卖点，石碑将是道具和装备的售卖点、结晶回路合成点、回复点，另外每经过五次战斗之后都可以在泉水处回满CP。调查完毕之后通往北方的结界也就解除了。继续前进之前要做好准备。先在石碑里面合成几个必备回路——回复的HP1必须合成，接下来的战斗敌人弱幻，所以幻属性的EP1也要带上。准备好之后经过北边的传送阵前往第一话的主迷宫——翡翠回廊。

刚一进入发生剧情战，敌人弱幻，两人在后排魔法攻击即可获胜。获胜后继续探索这个迷宫，注意收集全部宝箱。经过一次传送之后会遇到一个结界，现在这个无法通过，只能走另一条岔路，岔路的尽头会看到一块金黄色石头，调查之后会获得这块封印石，剧情后提妲加入队伍。注意今后的封印石都要由我们自己收集之后带回隐者之庭院的石碑前选择“解放封印石”才能解封，并获得新队员并解除阻碍前进的结界。
提妲加入之后先前的结界解除，为提妲调整装备回路之后就通过结界的位置继续前进吧。提妲的战技都不错，回复弹和烟幕弹在初期很有用，缺点就是HP太少防御力太弱，注意保护这位小Loli。继续前进会看到一个“门”，调查之后提妲会单独进入这个门，门里面有剧情战。
【月之门①（前篇）】进入后发生剧情战，注意敌人的HP少于一半就会使用降低我方MOV的攻击技能“月光疯狂”，多用回复弹和烟幕弹即可。战斗后只需要观看剧情即可，出来之后奖励3000mira和长筒·改。
看完月之门①之后回到主线。注意今后所有这样的机关都叫做“门”，门上面会标有进入门的条件，只有满足条件才能进入，门里面一般是长篇故事（月之门1~5），短篇故事（星之门1~15）和小游戏（太阳之门1~5），完成门的剧情后会获得奖励。今后门也将有传送功能，所以建议玩家见到一个门无论能不能进入都要先调查一下，今后可以直接通过传送来到这里。

继续前进，进入翡翠回廊②。翡翠回廊②比较复杂，传送阵很多，先往南走会看到一个石碑，调查石碑就会激活该石碑，今后可以通过传送直接来到这里。建议先把A-B这个支路走完，拿全宝箱并调查太阳之门①（现在进不去）。回来之后走C-D-E-F这条支线，进入埃尔赛尤号，在埃尔赛尤号底层机关室的卡佩尔上面可以将船内的三处上锁的门全部解锁，现在调查整个船并拿全宝箱，注意甲板上的和作战室内的，很容易漏掉。在驾驶室内发现新的封印石，带着封印石回到据点，在石碑处解封，尤利娅加入。尤利娅初期的战斗力很强，今后也可以作为重要战斗力参战。尤利娅解封之后翡翠回廊②终点的结界消失，直接传送到回廊的石碑处，继续前进，来到翡翠回廊③。

翡翠回廊③就是一个螺旋形下降的直路，一直前进就能到终点。终点有石碑，做好准备之后继续前进吧。前方的BOSS弱空，建议给所有人配出“暗物质”魔法，并补满CP。BOSS战开始阶段，战场四角分别有一个雕像不断使用直线攻击的战技，所以初期要全力攻击这四个雕像，并尽量躲避他们的直线攻击，主BOSS贝沃此时主要用吸血攻击，威胁不大，此时我方缺乏群体恢复魔法，所以站位不要太分散，用提妲的回复弹来进行回复。消灭四个雕像后再来攻击贝沃，贝沃有三个形态，前两个形态战斗力都不强，做好回复即可，如果驱动魔法的话马上打断，第一形态要用暗物质攻击，第二形态尽量用连锁攻击（跟SC一样，尤利娅参加连锁时会对区域内所有敌人攻击两次），第三形态敌人会全体攻击，凯文的星杯领域应该这时候使用了，第三形态也尽量用暗物质攻击，其他攻击方式效率都不太高。
战斗胜利后发生剧情，第一话结束。

第二话异界化王都
☆本话任意时间，前往书库找到发光点，就会得到书籍《红曜石》全套☆
翡翠回廊BOSS战后面的位置出现了传送阵，经过传送阵就会进入第二话的舞台——利贝尔王国国都格兰赛尔。

现在还只能进入南街区和北街区，按地图把所有的宝箱收集好（有一些重要的回路和装备），调查一下月之门2和太阳之门②（现在还都进不去），调查一下南街区的石碑（今后每当地图中出现新的石碑和门请尽快调查，我就不再提示了），接着就向北进发，调查完星之门①之后到了王城门口，跟门口的魔兽战斗（此战敌人数量较多，攻击力很高，建议开场放S技秒杀周围的小怪，之后集中精力打中间的钢枪王者，也可以用提妲的烟幕弹把周围小怪致盲之后逐个歼灭）。战斗后南街区通往东街区的结界解除。
在东街区进入帝国大使馆就会进入强制战斗，敌人会蓄力之后释放有即死效果的“胧”，一定要打断。战斗后获得新的封印石，将附近的宝箱收集好之后回到据点解封，穆拉加入，北街区通往东街区、西街区的结界解除。如果是PC版的玩家，这是穆拉第一次成为可控角色，穆拉拥有着全队数一数二的物理攻击力，平时依靠普通的物理攻击就能造成巨大的伤害。穆拉加入之后，编队系统开启，援护系统开启，在据点里面点击屏幕左上角就能进行编队了。同时星之门①可以进入了，把穆拉和尤利娅编入队伍就能进入星之门①了。PSP玩家注意，在PSP版中尤利娅和穆拉的战斗力有了不小的提升，主要是战技消耗CP变少，硬直时间变短，效果增强等等。
【星之门①】主角是尤利娅和穆拉，有一场剧情战，难度较大，胜利与失败只影响之后的对话，不影响奖励。此战的要点是穆拉开场第一次行动和HP降低到8000之后第二次行动时都会使用S技破邪显正，这两次必须用尤莉亚的战技防御好，所有的魔法都用来回复，最后应该能消灭对手。本门奖励3000mira和回路耀脉。

接着进入西街区。收集宝箱、调查星之门②之后向码头进发，在码头东北角仓库内发生强制战斗（敌人弱风、同时物理防御力比较低，直接砍死就行了），战斗后获得山猫号的钥匙，接着就能进入停靠在码头最南部的山猫号了，在山猫号内获得封印石，回到据点解封，乔斯特加入，王立竞技场入口结界解除。乔斯特的战斗能力比较中庸，但是用来当援护角色却能大幅提升物品掉落率，在晶片紧张的3rd里面这个援护功能确实极为重要。乔斯特加入之后，太阳之门①就能进入了。
【太阳之门①】剧情后是射击小游戏，新手可以选择EASY难度，不影响获得的奖励。胜利后获得3000mira和回路探知，同时乔斯特学会S技“山猫号”（如果到了第六话与空贼团的剧情战时还没有学会这个，到时候会直接学会山猫号II）。

进入王立竞技场。竞技场内有石碑，在这里进行调整，接下来战斗中敌人会用全体攻击，所以至少有一个人要回“回复术·复”等回复系魔法。继续前进是三联战，前两战都是杂兵级战斗，敌人也都在之前遇到过，注意每一战结束HP、EP不会回满，所以第二战的最后一击之前最好把全员的HP、EP、CP都攒够。第三战BOSS周围的小怪死后会自爆，因此不要离得太近，此战敌人弱时属性。战斗后获得封印石，解封后，空之轨迹FC、SC的男主角约修亚加入，格兰赛尔王城大门的结界解除。约修亚的物理攻击力、魔法能力、战技等等都很优秀，这个玩过FC尤其是SC的同学们一定深有体会，此后相当长的时间里面，约修亚都可以作为队伍的主要战斗力参战。

接下来向王城进发，此时队伍中必须带尤利娅（毕竟人家是亲卫队队长，职责所在= =）才能进入王城。进入后发生剧情战，敌人弱火。王城内宝箱很多，路上会遇到基尔巴特，看样子这个人也进入了异空间，在寂寞的异空间之旅中，基尔巴特是我们仅有的能看到的NPC了，也是重要的乐趣来源，所以今后还会多次营救此人。救完基尔巴特之后进入女王宫，在阳台上会得到“宝物库的钥匙”。女王宫内会得到回路“阳炎”，任意一名战斗角色戴上之后走迷宫躲怪会方便很多。
拿着钥匙打开地下一层宝物库大门，通过电梯进入封印区域，一直前进很快就能看到终点的石碑了。本话BOSS战难度不是很大，开场在尤利娅“号令”之下使用约修亚的S技幻影奇袭清理周围的小怪（小怪们会给BOSS回复HP），接着集中火力就能消灭BOSS了，BOSS会驱动“炼魔咆哮”，提升自己的STR，因此最好在驱动时打断。战斗后获得新的封印石，第二话结束。

第三话金之道银之道
☆本话开始之后一直到开始分组，都可以在大树下的书库内获得利贝尔通讯02年前期~02年中期（FC部分）☆
本话开始时自动解放封印石，利贝尔王国王太女科洛蒂娅公主加入。科洛丝拥有很强的回复力和魔法攻击力，S技“光明之环”更是面临团灭的时刻起死回生的保障，因此请在大多数时间把光明之环设为常驻S技。另一个S技“圣星光旋”不再是SC时的鸡肋技能了，在3rd中伤害值与ATS挂钩，在中前期是伤害值最高的S技，如果遇到了天使羊波波，圣星光旋更是能秒杀天使羊的神技。科洛丝加入之后就可以进入【星之门③】了。
【星之门③】主角是约修亚和科洛丝，人物可控后与所有人员对话，会知道SC结束后各位相关人员的活动，之后走到地图中间的地方触发剧情即可。奖励3500mira和大盘料理雅餐“喜悦”。

从第二话BOSS战结束的地方出现的传送阵就会进入第三话的主迷宫——金之道银之道了。第三话的入口处会进行分兵，凯文和莉丝分别带领三个人走金之道与银之道，两条道路的敌人难度差别不大，因此本次分兵主要任务是两支队伍战斗力的均衡。两条道路都会面对战斗力相当强悍的BOSS，所以两队都至少有一个要会使用“中回复术·复”的队员进行专职回复。此时如果有等级过低的队员的话，请去王都练级，由于空轨3rd对于低级打高级有经验奖励加成，所以等级较低的队友也很容易把等级升上来。金之道与银之道的队员装备、回路都是共有的，一条道结束战斗之后把装备回路卸下之后就能让另一支队伍使用了，因此把好的装备和回路都交给其中一支队伍吧。（另一支队伍也不要什么都不带，刚进入路上的时候会直接发生剧情战，难度不大，但是什么都不带的话就会陷入困境。。。）
准备好之后就去第三话的石碑处选择“开始攻略”，之后凯文带队进入金之道，莉丝带队进入银之道。选择之前带有好装备的那支队伍先攻略。为了方便叙述，我们先介绍金之道。

金之道路上小怪会用一种特殊的攻击方式“魔术锤击”，有可能是我方队员身体膨胀，膨胀后攻击力和速度大幅下降。路上不要忘了调查星之门④。终点处面对BOSS战？莉丝？。此战主BOSS？莉丝？并不显眼，她带来的四个小BOSS才是重点，战场右侧两个蓝色镜子可以反射物理攻击，左侧两个红色镜子可以反射魔法攻击。建议先用魔法攻击消灭蓝色魔镜，再用连锁战技或者S技消灭另两个魔镜，四个镜子消灭后剩下的？莉丝？就没有太大的威胁了。注意打倒之后她会变成拟态莉丝，再打倒之后变成格利摩尔（今后遇到的拟态我方人物基本都是这样的，需要打倒三次才能获胜= =）。这边胜利之后不要着急前进，马上把装备回路都卸下来供银之道的小组使用。

银之道路上的敌人会用自爆和即死攻击，一定要小心。不要忘了调查月之门③。终点处有石碑，准备好之后前进开始BOSS战。BOSS凯文开场会使用满CP的星杯领域，敌方全员上双层墙。本次BOSS战建议用暗改法：请翻阅星杯手册并给一名角色配出魔法“暗物质改”，该魔法具有将敌人吸引到魔法中心的附加效果，该效果用墙挡不住。同时如果造成伤害了还会有降低MOV的附加效果。所以开场以后那名角色一直放暗物质改，其他角色用其他的范围魔法一起破墙，只要能够全员破墙后再用一次暗物质改将敌方全体吸到后面并附加MOV DOWN状态，敌方的就基本打不到我我方了= =战斗后继续前进与凯文组会合。
解开第三话获得的两个封印石，金和奥利维尔加入。金叔拥有目前全队最高的HP与防御力，喜欢肉搏的玩家可以考虑；奥利维尔是一名很搞笑的角色，这次还有“闺蜜”穆拉在场，会给玩家带来很多乐趣，而且此人的魔法能力同样十分优秀。此时又有两个门能够进入了。
【星之门④】主角是金，进去之后看剧情即可。奖励4000mira和回路阴阳。这个回路玩过SC的都会知道应该给科洛丝使用。
【太阳之门③ 里·武术大会】（普通难度）带着金就能进入了，现在只能参加普通难度作战，是三连战，难度对于此时我方有点大，感觉难度过大的可以以后再来。第三战对手基尔巴特击败后掉落小丑徽章，该徽章可以通过不断挑战该战斗无限刷获得，比较明显的优势是增加的SPD很多。战斗胜利后获得5000mira和身之理（回路，装备者受到的物理攻击伤害减少，魔法攻击伤害增加）。这个门今后获得了新的道具后可以挑战更高的难度。
现在去第三话会合地点找宝箱，就会得到“插班考试合格证书”，让科洛丝入队，就能进入月之门③了。
【月之门③】主角科洛丝，剧情中的任务就是不断的找人。第一次到社会系教室、礼堂舞台左侧厅、男子宿舍一层、旧校舍门口发资料；接着去社团大楼女子衣帽间；去礼堂2F；去校长办公室办理通行证之后出校门；去主楼门前；控制乔儿去宿舍二楼，剧情选项随便选；控制科洛丝去礼堂右侧房间、男生宿舍、社团大楼学生会办公室调查窗子即可完成剧情。
====第三话结束====

第四话昏暗圣痕
☆本话任意时间前往书库会得到四本有趣的书（猫语日常对话入门、爱尔贝啄木鸟的生态、少年哈茨历险记、31棵丝柏树）☆

第四话的舞台就是SC序章的卢·洛克尔训练场。本话开始时莉丝离队，约修亚和凯文成为队伍常驻角色。准备好之后经过第三话回合地点的传送阵进入训练场，进入之后马上开始强制战斗。敌人攻击力很高，而且有气绝效果。战斗后进入训练场宿舍，宿舍内有不少宝箱。离开宿舍进入巴斯塔尔水道。水道的水变成了岩浆，在里面行动会按时间损失HP。按照地图中的标注，这里的控制杆很多时候向左向右摇动的效果不一样，请依照说明收集全部宝箱并调查星之门⑤之后继续前进。石碑后BOSS战对阵？亚妮拉丝？，敌方没什么特殊攻击，建议先把周围两个小怪清理之后再处理？亚妮拉丝？。战斗胜利后获得封印石，解封出来的当然就是萌主亚妮拉丝了。亚尼拉斯加入之后能够进入星之门⑤了，注意别的门都可以今后再进，奖励不是很丰厚，但是这个门现在进入会获得一个强力武器，直接使得亚妮拉丝的STR比其他人高出许多，所以建议现在就进入。
【星之门⑤】主角亚妮拉丝，剧情后发生战斗，对手理查德开场就会使用S技。建议开场后第二回合使用“风花阵”，此后一直保持这个BUFF坚持攻击即可，此战战法类似于星门①，不过难度较低。胜利后奖励5000mira和利剑·迅羽（亚妮拉丝专用，本话期间是攻击力最强的武器）。
下一个目标就是圣科洛瓦森林。

森林内不要忘了收集宝箱、调查月之门④，在图中C-D路上还会再次营救基尔巴特。继续前进就是BOSS战——？雪拉扎德？。敌人会用附带混乱和黑暗攻击。开场后建议用连锁或是S技迅速消灭两边的小BOSS，他们会用吸取CP的战技，与其被吸走不如尽快用掉以便消灭敌人。雪拉本身战斗力不算强。战斗后获得封印石，出来的当然是雪拉扎德了。雪拉扎德拥有强制AT归零的战技天堂之吻，该战技用好了能极大地加快战斗进程，大幅提升我方作战效率。雪拉在队就能进入【月之门②】了，这里的战斗比较多。

【月之门②】主角雪拉，可控后前往艾德尔百货店、冰淇淋店、经过南街区前往北街区的旅馆，接着发生强制战斗，难度不大，注意保护NPC。通过下水道前往西街区，这里没必要练级，小怪能避开就避开。剧情后在前往王城门口的路上发生两场剧情战，第一战注意集中火力；第二站没必要攻击绅士打扮的男子，只需要击败黑衣人战斗就会结束。战斗后剧情，月之门①结束，得到4000mira和回路“天眼”。注意这个门里面可以看到很多著名NPC们在六年前的活动。

之后进入本话最后一个目标——格林姆塞尔小要塞。

要塞1F基本布置跟SC区别不大，注意拿到ID卡片之后才能启动终端。2F有红色和绿色的机关桥，所有同色机关桥是连锁的，桥旁边的机关可以调整颜色，机关为红色时红桥架起绿桥消失，反之亦然。建议先拿到装备“巨型弩”，之后来到图中①的位置，切换装置后拿完还魂粉之后到③的位置，取得“ID卡片II”，回到②位置，切换装置颜色，通往3F的桥就架起了，使用ID卡片II就能继续前进了。
3F有两个房间一团漆黑，首先要找到“夜视护目镜”，装好之后尽快找到电源开关恢复照明。4F要注意路上的蒸汽装置，接触会使队员受到HP损失。前方有石碑，准备好之后继续前进迎接BOSS战。BOSS战对手？阿加特？，敌人物理攻击力极强，一定要注意回复。战斗后不要着急离开，前面有一个星之门。
【星之门⑥】进入时需要料理手册有20条以上记录，平时要多开宝箱，并且使用料理之后才能学会料理。这个门内战斗不少，可以有时间的时候来玩。这里的可控角色是渡鸦帮三人组。

这个门里面不能使用魔法，跟维姆拉大叔对话可以吃到地狱极乐锅，效果跟SC一样，随机一个人HP变为1，CP变为零，另外两个人CP变为100。路上的怪难度不是很大，注意敌人的冰冻攻击，每个人都要靠技能帮助同伴回复。最后战斗打阿加特，给阿加特减DEF，给我方队员加STR，这场战斗难度还是不算大。（PSP据说困难以上难度开头就会有一个打火机，另外图中所有装有打火机的宝箱都会装有打火机+）
阿加特入队。此时月之门①的后篇也能进入了。
【月之门①后篇】主角阿加特和提妲，进入后就是剧情，有两场剧情战，注意一旦被障眼弹命中后暂时不要攻击，先回复一下，等到黑暗状态解除之后继续攻击，不要乱放S技。胜利后剧情，提妲学会战技“导力装甲”。导力装甲必须在提妲周围3×3的格子内没有其他人时才能使用，使用后一切回路效果消失，HP变为2倍，攻击防御等都有提升，免疫毒、冻结、石化、睡眠、气绝、体型变化，其他异常状态（包括即死）不免疫，能力低下不免疫；所有武器/防具/饰品/回路，除了改变能力值之外的效果一律无效（斗魂，替身，幸福之石，怪盗斗篷，免疫状态，妨害，刃，理，情报，幸运，机功，耀脉，吸收，等等等等）。提妲从此不再是万年板凳，一跃成为全队一流的肉搏系角色。
欣赏完月之门①，补满全部战斗角色的CP，就回到训练场宿舍吧，先去二楼上锁的房间触发基尔巴特剧情，之后做好万全准备之后离开宿舍，在东北方向的空地进行第四话BOSS战。
开战前凯文学会新的时属性攻击S技——魔枪洛亚，敌方攻击力十分惊人，弱点就是时属性，所以建议开场时立即使用凯文和约修亚的S技，直接秒杀两个小BOSS，接着继续攒CP，凯文放出第二次魔枪洛亚时战斗基本也就结束了。战斗后获得新的封印石，空之轨迹FC、SC的女主角艾丝蒂尔终于加入，同时凯文受伤离队，艾丝蒂尔和莉丝成为队伍的常驻角色。随着艾丝蒂尔加入，太阳之门②也能进入了。
【太阳之门②】带着艾丝蒂尔就能进入，FC与SC重要的钓鱼系统归来了。分为三个难度，每当取胜一个难度就会解锁下一难度。各难度分别是5、10、15局比赛，以钓鱼总长度高者获胜。建议先用蚯蚓等鱼饵钓起小鱼，再用小鱼作为鱼饵就能钓到大鱼了。多试几次应该能获胜。每一级别比赛分别获得奖金5000mira和鱼贝系列（1级奖励，魔兽食材）、珍馐“百花缭乱”（携带料理，2级奖励）、垂钓师徽章（饰品，3级奖励）。
【月之门④】主角是艾丝蒂尔和约修亚，剧情很长，可以说是对FC开始和SC结束的剧情的补完，剧情中的选项不影响进程，只会影响发生事件的顺序。非常感人的长篇剧情哦。
第四话结束

五话光与影的迷宫
☆本话任意时间，前往书库会获得牌技师杰克全套☆

第五话敌人会大量使用带异常状态的攻击，建议带上防石化等威胁比较大的饰品出战。经过第四话BOSS战位置的传送阵进入第五话的主迷宫——光与影的迷宫。进入后马上开始强制战斗，建议多用全屏攻击快速解决战斗。光之迷宫①探索完毕之后不要忘了带着刚拿到的封印石回到据点解封，解封出来的是理查德，此人曾是FC的总BOSS，这次作为队员加入我方，战斗力极为惊人，拥有一流的速度、攻击力、魔法力，尤其是他的战技光鬼斩和光轮斩拥有极短的硬直时间，在战斗中可以连续使用，对BOSS造成巨大伤害。此时迷宫中的星之门⑦能进入了。
【星之门⑦】进入后有战斗，给四名队员带上防石化饰品即可。战斗后是关于爱普斯泰恩财团（就是开发战术导力器的机构）的调查报告。奖励7000mira和机功2（回路）

理查德加入之后光之迷宫中间地点的结界解除，通过那里进入影之迷宫。影之迷宫会拿到新的封印石，回到据点解封，执行者No.XV——歼灭天使玲加入。玲拥有着让人羡慕不已的单链无属性导力器，战技中附带大量即死效果。玲加入之后，影之迷宫的结界解除，通过结界进入光之迷宫②。这里有星之门⑧，带上奥利维尔和穆拉就能进入了。
【星之门⑧】主角奥利维尔和穆拉，讲的是SC结束之后两人返回帝国之前的一段故事，还有意想不到的角色登场哦。奖励7000mira和结晶回路神眼。
影之迷宫内还会找到太阳之门④
【太阳之门④】需要带着就在这个迷宫内获得的饰品“命运卡片”就能进入了，是个赌博小游戏。24点的玩法建议是到了17点就不抓了，胜利后获得5000mira和大盘料理火龙东央贡汤；梭哈就要靠技巧了，多玩几次胜率还是很高的，胜利后获得10000mira和饰品幻影戒指+。赌博这个东西，小赌怡情，大赌伤身，玩玩就行了。

终点处发生BOSS战，战前必须给所有队员带上防御即死和石化的饰品，此战开始时敌人是三只蜘蛛，注意三只蜘蛛中的次女被打死之后母亲“阿拉克涅·基古玛”就会现身，建议先把另外两只蜘蛛先打死。此战用魔法暗物质效率比较高。战斗后获得最后一个封印石。此前不断现身的“谜之女性”终于被解放了。第五话结束。

第六话守护者的试炼
☆本话开始到琥耀之门解放，在书库会获得肉体改造轮（与书架前雪拉对话）；开始到红耀之门解放前，在书库内获得书籍《人偶骑士》☆
本话开始时，如果之前通过继承存档获得过塞姆里亚石的话，现在跟塞雷斯托对话就可以制作最终武器了，没有继承存档的同学只能等到终章到深渊探险之后才能获得4个塞姆里亚石了。对于PSP玩家来说从现在开始，大树下开始出售魔兽系列食材，每个价格400mira。
一般来说，这时候即使是见怪就躲的玩家的战斗次数也应该到了100次了，星之门②能够进入了。
【星之门②】关于“盐之桩”的调查报告。奖励3500mira和石化之理。
本话主迷宫是艾尔贝周游道，杰尼斯王立学院、湖畔研究所、雷斯顿要塞、古罗力亚斯等熟悉的场景也将出现，同时还要与很多FC、SC中或敌或友的角色们战斗，可以说3rd一半的精彩战斗都集中在本话。
第一部分-无色学院

把科洛丝带上，经过第五话BOSS战那里的传送阵进入艾尔贝周游道。直接去西北方的苍耀之门，队伍中必须有科洛丝才能进入，进去之后就到了杰尼斯王立学院。校园内没有了颜色，现在的任务就是打倒全部黑色骑士以恢复校园的颜色，注意不能攻击彩色骑士，一旦攻击的话黑色骑士会复活= =王立学院校园、主楼、男女宿舍、礼堂、社团大楼都要变回彩色，继续前行的路才会打开。注意校园的黑色骑士有的隐藏的很深，必须仔细寻找才能找到。都变回之后从后门出去，路上会遇到渡鸦帮三人组（如果带阿加特的话对话稍有不同），战斗难度不大，为了下一场战斗请注意积攒CP，并注意敌方HP较少时发动的带有即死效果的“蚀杀一击”。星之门⑨能进入了
【星之门⑨】进入条件比较诡异，要求交出50000mira，这个很值的，因为这个门结束之后的奖励是100000mira。主题是柏斯市长与女仆莉拉的一段小故事。奖励100000mira和攻击料理流血肉丸子。
继续向旧校舍前进，前方等着我们的是一个强大的BOSS——曾经以一人之力阻挡四位执行者的利贝尔王室亲卫队前任大队长菲利普，此人一开场会使用强大而又华丽的S技翠耀之心，注意回复，并使用全屏S技和全屏魔法尽快清除周围的四个小怪，之后全力攻击即可，此战如果菲利普从一开始就不断使用S技，那么恭喜你使用的是第一代中文版3rd，请到空之轨迹吧下载补丁修好这个BUG。战斗后搜刮一下旧校舍，并发现月之门⑤。
【月之门⑤】进入条件是手中有回路“幸运”（在训练场宿舍二楼宝箱内得到，当然如果你有卖回路的习惯的话我无话可说= =）剧情很长很有爱。人物可控后去海边，调查沙滩上所有带感叹号的地方（仔细找全）左边还有一个宝箱也调查一下。然后往西走到玛诺利亚村，去村子西南的风车小屋。接下来从村子西北出村，一直往北走。剧情以后继续往北走。再次可以控制以后，在周围拾取柴火（基本都在树下）。之后又是剧情。奖励12000mira，饰品幸运之石。
第二部分-镜中秘所

回到据点，把亚妮拉丝带上，经过琥耀之门进入下一个地点——湖畔研究所。这次的地图与SC的研究所正好是镜像分布的。进入建筑之后马上进入强制战斗，敌人反射魔法攻击。这次的建筑同样有三个卡片，用特定的卡片会打开特定的门。继续前进到1F深处进行第一场BOSS战，注意防止气绝即可。2F终点的对手是卡露娜，同样要防止气绝。3F对手是克鲁茨，注意回复即可。三战后获得三个卡片，这时出发把所有的验证门都打开吧。下面的对手很强大，建议所有参战队员等级都升到120级。这名BOSS是雾香，如果有肉搏系队员尽量冲上去跟她贴身近战，同时注意回复。雾香的S技伤害相当惊人，被攻击后必须立刻回复。
【星之门10】镜中秘所二层就有这个门，主角是玲，进入后有剧情战，敌人会毒、石化、黑暗。胜利后会看到帕蒂尔·玛蒂尔的调查报告，奖励10000mira，此后带着玲回到据点之后就会发生剧情，玲学会新的S技帕蒂尔玛蒂尔。
【星之门11】在镜中秘所一层，进入后有战斗敌人会反射魔法，死亡时自爆，最好的办法是用全屏S技直接解决。之后会看到关于怪盗B的调查报告。奖励10000mira和饰品怪盗斗篷。
镜中秘所的宝箱里能够拿到一个“里·武术大会参加许可证”，这个是进入太阳之门③困难难度的凭证。
【太阳之门③ 里·武术大会】（困难难度）还是三连战，现在可以不带金就能进入了，所以组建自己的最强的队伍来挑战吧。胜利后获得10000mira和灵之理（回路，装备者受到的魔法攻击伤害减少，物理攻击伤害增加）。

☆从琥耀之门解放到第七话进入礼拜堂，任意时间在大树下的书架会获得三本难懂的书（实录·百日战役、卢安经济史、结晶光学论文集）☆
第三部分-铁壁要塞

回据点把理查德带上。在周游道打开红耀之门，进入雷斯顿要塞。要塞目前只能进入研究楼内，刚一进入就要跟希德中校作战。希德在SC已经跟我方对战过了，此次再来，貌似还是没有太大进步，虽然物理攻击力很高，但是驱动大魔法的时间仍然很长，注意打断，一定不能让他放出全屏魔法。此战注意防冻结。
战斗后拿到兵营钥匙，进入兵营。兵营内有全游戏唯一一个魔兽宝箱，拿到B-01钥匙。接着前往南边跟凯诺娜作战，此战特务兵的威胁很大，建议优先清除。战斗后获得司令部钥匙，进入司令部。司令部1F有星门12，正好理查德在队，直接进去即可。
【星之门12】讲的是理查德离开军队之后在卢安的一段故事。奖励10000mira和回路谍报。

图中的两个钥匙是继续前进必须的道具，一定要先拿到。2F终点有石碑，继续前进发生BOSS战，对手摩尔根将军。摩尔根将军攻击带气绝，一定要注意。此战可以使用时间加速·改和时间减速，可以有效提高战斗效率。
战斗胜利后就可以继续前进了。玩家大概也能猜到下一个对手是谁了，注意必须让参战队员的等级达到120，并且调整好装备和回路，下一个对手不会使用异常状态攻击。

BOSS战对手是卡西乌斯单枪匹马作战，每一名可控角色都和他有着或多或少的联系，因此可以带不同的队员来跟卡西乌斯看到不同的对话。卡西乌斯的普通攻击就有很高的伤害，S技与其它战技也都有着恐怖的实力，因此这场战斗开始阶段建议用星杯领域防守，后面专门一个队员负责补墙，让理查德担任主力，连续使用光鬼斩就能比较容易的获胜了。战斗后不要着急离开，雷斯顿要塞的飞艇坪现在可以进入了，里面有宝贵的回复CP饰品——超斗魂腰带和超斗魂扎头巾。
第四部分-黑色方舟

回到据点把约修亚加入队伍，前往艾尔贝周游道开启最后一个门——黑曜之门，就来到了古罗力亚斯。按照图中A-B-C-D-E的顺序走，注意收集沿途的宝箱和调查星门13、太阳之门⑤，到了C点先去救基尔巴特拿到最新的安全卡片之后再前往机库。机库内发生BOSS战，敌方会用黑暗状态的攻击，注意防御。战斗胜利后乔斯特的S技“山猫号”会得到强化（无论她是否在队都能强化。之前如果没通过太阳之门①学会山猫号的话这里会直接学会山猫号II）。继续前进将会同时面对三位执行者，做好准备吧。首要防止的异常状态是气绝。
三位执行者作战方法不一样，建议先打会多种异常状态攻击的布鲁布兰，再打会用回复魔法的露西奥拉，最后解决瓦鲁特，注意每个敌人都会S技（开场最好放星杯领域，瓦鲁特第一次出手就会使用S技），因此一顶要注意随时回复。由于部分队员跟三位执行者有着很深的关系，科洛丝、奥利维尔、金、雪拉扎德在队会有不同的对话。战斗后进过传送阵进入第六话BOSS战，请做好防护气绝、冻结、混乱的准备。黑骑士战斗方法跟FC和SC的莱维区别不大，建议先打死旁边的D·幻影，之后再跟黑骑士和分身（最多两个）作战。唯一需要注意的就是不要让驱动中的回复被打断。没必要攻击分身，分身即使打死了也会继续召唤，因此只需要全力攻击本体即可。战斗胜利后传送阵变成了星门14（目前进不去）。艾尔贝离宫的结界解除。第六话结束。

第七话遥远的炎群
回到据点把莉丝加入队伍。注意这一话的将只有凯文和莉丝两个人，因此请把其他队员身上的重要装备回路都卸下来给两位主角装上。准备好之后出发，经过艾尔贝周游道进入原本通往理工的道路，来到紫苑之家。

先调查礼拜堂正门，调查以下八个地点——礼拜堂侧门、水井、院长老师的房间、孩子们的房间、男生房间、女生房间、厨房、起居室，再从起居室正门离开就会触发剧情，得到礼拜堂钥匙。前往礼拜堂开门之前会出现确认，请确定已经将重要的装备回路卸下来给凯文和莉丝之后再选择“使用钥匙”，之后发生剧情，凯文和莉丝两个人进入炼狱。

炼狱的地图基本就是一条直线，注意这里的敌人普遍会毒和自爆，弱点是时属性。路上会遇到三个中BOSS，前两个BOSS奥恩和艾尔玛弱时，会毒、自爆和EP吸收（奥恩）/HP、CP吸收（艾尔玛），建议两人后排站好，用时属性魔法“死亡咆哮”解决战斗。第三个BOSS恶灵格洛尔德弱幻，建议开场用死亡咆哮解决周围的小怪，再用幻属性初级魔法“次元上升”就可以快速解决战斗。继续前进之前请把两人的CP攒到200。
第七话BOSS战对手是怀斯曼，战斗开始前凯文学会空属性全屏S技“圣枪乌尔”，这是游戏中最强的全屏S技。战斗建议的方法是给凯文带上超斗魂腰带和超斗魂扎头巾，开场放一次圣枪乌尔，接着用莉丝的战技“圣洁祝福”为凯文补充CP，继续放两三个圣枪乌尔之后战斗也就结束了。战斗胜利后剧情，最后的战斗即将开始了。

最终话历尽艰险终抵彼岸
☆最终话开始之后，在大树下书架会找到利贝尔通讯02年后期~03年前期（SC部分），注意这里会得到一期SC游戏中不会获得的通讯，介绍了方舟事件的解决过程。☆如果此前收集了全部书籍的话，此时会获得饰品“翡翠头环”（防止全部状态异常并大幅提升能力值）
对于PSP玩家，最终话开始后，在庭院的泉水处可以得到回路。战斗次数300次以上、逃跑0次将获得“神镜”回路（地6火8空4，50%几率性反射物理攻击、最大HP-20%）；战斗次数300次以上、逃跑300次将获得“魔镜”回路（水8风6幻4，50%几率反射魔法、最大EP-30%）。
最终话终于到来了，凯文不再是队伍中的常驻角色，此时可以编组任意四名角色到队伍中来。与塞雷斯托对话，就会开启新的地图——深渊。深渊内的敌方经验值很高，由于最后的决战中所有角色都要上场，建议通过深渊的地图将所有队员的等级都提升到130（有资料表明不到130也可，但要求最后的四个队伍中每个队都有一名主力角色等级不少于130级，否则初期的战斗会比较艰难）。

深渊的结构很简单，一条线走到底即可，注意第四个BOSS大天使羊的出现条件：打死前三个BOSS之后，并且没有经过深渊入口的石碑进行传送的话，大天使羊就会出现在深渊的终点。由于不能使用入口处的石碑传送，所以第一批队员只能一直前进到终点前的星之门15才能回到据点。好在前三个BOSS难度不大，大多数人员配比都能轻易通过。
第一个BOSS会用魔法“苍白地狱”攻击，带气绝效果，弱点是幻属性。第二个BOSS可能会用即死攻击，建议开场爆S清理。第三个BOSS会冰冻攻击，建议开场爆S清理小怪。继续前进就会看到最后一个门——星门15，建议调查完毕之后回到据点，把玲和科洛丝带上，直接传送回星门15.
【星之门15】队伍中有玲就能进入，这段剧情不同的版本有不同的内容，具体的问题这里就不细说了，建议想多了的同学去玩玩零之轨迹，那里面对这个问题有明确解答。
继续前进，遭遇深渊第四个BOSS大天使羊，直接用科洛丝的第二个S技——圣星光旋——就能直接秒杀。建议开场用数字键直接抢S。由于天使羊回避率、防御力都很高，魔法攻击无效，所以科洛丝的圣星光旋这个物理攻击、魔法计算的S技有效而且可以造成很高的伤害（只要没装减少ATS的装备回路都可以秒杀），其他人物在堆高STR的前提下使用满CP的S技也能造成不小的伤害，但是凯文的魔枪洛亚和圣枪乌尔、理查德的残光破碎剑都有魔法属性，所以对天使羊无效。深渊的4个BOSS每击败一个都会获得塞姆里亚石，拿着这个跟塞雷斯托对话就能制作最终武器，继承过存档的在第六话开始时就已经制作了，没继承3rd存档的只能现在制作了。
出发前把剩下的门都打开吧。
【太阳之门③ 里·武术大会】（噩梦难度）拿着深渊里面开宝箱得到的里·武术大会参加许可证就能进入了，这次是四连战，四场战斗的对手都很强大，组建最强的队伍来挑战吧。胜利后获得20000mira和魂之理（回路，战斗中自动减EP补充CP，是唯一一个可以自动回复CP的回路）；PSP玩家如果带着亚妮拉丝来挑战的话，胜利后武器利剑“迅羽”会得到强化，强化后的属性值比用塞姆里亚石制作的武器还要强。
【太阳之门⑤】要求有全部种类的耀珠才能进入。是一个问答小游戏，都是关于轨迹系列的各种问题，就看你是否细心了。（附图：P125~126）PSP玩家注意，PSP版追加了一个Maniac难度，奖品为刻耀珠（驱动3，驱动时间减少95%，STR/DEF降低20%，ATS降低15%）

【星之门13】需要战斗胜利400次才能进入，基本上不在深渊刷怪很难达到400战，实在懒得打的可以用改之理改一下= =门内会看到关于帝国游击士协会被袭击事件的调查报告，这个的时间大致是FC前后的一段时间，可以了解卡西乌斯离开家之后的部分行动。奖励10000mira和防具狩猎重铠。
【星之门14】完成其他所有的门之后就可以进入，可以看到关于结社的幻焰计划的一些端倪。奖励30000mira和饰品炽煌之冠。

都准备好之后，给全部16名队员准备好装备和回路，与塞雷斯托对话选择“前往影之国”就会继续前进了。剧情后开始分组，凯文和莉丝与另外两名队员走大门，其余12名队员四人一组走左、右、正三个门，四个门最后将同时发生BOSS战，大门难度较大，另外三个门难度差别不大，建议每个队有一个会用全屏S技的和一个负责回复的人员。特别的，如果提妲要用“导力装甲”参战的话，请不要走正门，前方BOSS会用即死效果的攻击，导力装甲无法防御；玲在遇到高达系敌人会很兴奋；阿加特与神龙有特殊对话等等。
分配完毕之后就要继续前进了。玩家可以自行选择左、右、正三个门的攻略顺序，三个门都到终点之后才能走大门。注意，四个队伍的装备和回路是共享的，阴阳、阳炎等走迷宫必备的回路以及一些回复CP的饰品等等可以通过拆卸重复使用；但是四个门的最后一战是同时进行的，都不能调整装备回路，所以还是要为每名队员的最后一战准备足够的回路（防具等等可以在幻影城捡到）。
先介绍左门。

每个门都有大量最终装备，不要忘了拿。中间会遇到中BOSS，注意防御即死、混乱等状态；如果陷入困境的话，此战允许逃跑，退出来重新调整再继续也可以。继续前进到回复装置，把给别的队伍的回路卸下，调整好本队的装备回路，存档之后继续前进，镜头会切回幻影城入口，继续选择队伍。下面介绍右门。
这边的中BOSS不会使用异常状态攻击，只需要注意回复就能通过。继续前进到回复点，调整好之后继续前进。镜头切回到入口，这次我们选择正门。

正门的中BOSS会混乱和气绝，防御好之后很轻松，继续前进到回复点，调整好之后继续前进。
最后是大门的队伍。
大门的敌人实力最强。中BOSS跟左门的一样，会即死攻击，注意防御。走到回复点并做好最后的调整之后前进到大门处，剧情选择“打开门”就会开始最后的BOSS战，注意此后的连战将不能中途调整装备，所以最好先存一下档再继续剧情。BOSS战是四连战，将由四个门的队伍分别击败四个BOSS之后才能通关。
左门BOSS金色巨人，会用黑暗和气绝攻击，建议开场爆S清场，之后集中火力消灭金色巨人即可。
右门BOSS是T-幽灵，其实就是FC的BOSS的加强版，战斗方法也差不多，注意回复要跟上，同时注意敌人的AA抵消弹会打断我方吟唱的魔法。
正门BOSS是神龙，注意防御混乱和气绝。对方会使用根源屏障，所以此战魔法角色只能辅助和回血了。
大门是整个游戏最后的总BOSS——世界之意志。该BOSS开场之后第一次行动会使用“炼魔招来”召唤出七个属性的圣柱，七个柱子分别对应其中属性，只有对应属性的魔法以及无属性的物理攻击才能攻击，七个柱子被全部消灭之前，BOSS的本体处于无敌状态，这期间敌人只会使用魔法“七曜危机”，伤害会随着柱子的减少而减少，初期七根柱子的状况下释放时如果没有防御的话很容易灭团。七根柱子清理完毕之后就可以攻击BOSS本体了，这阶段BOSS会召唤小怪（小怪攻击力很强，死后会自爆，还会令我方人员消失），使用“邪光波·蛇神之预言”之后使用“圣痕炮·星球之毁灭”，圣痕炮的杀伤力极强，一般情况下只有满血的金和导力装甲状态的提妲能剩点HP，其余角色都会被满血秒杀，所以一旦对方使用邪光波之后务必给全体队员套上墙。
本战有两种方法，第一种是在敌人召唤圣柱之前就消灭掉，该方法一般是高手玩的，作战队员一般是连锁组或是理查德等人，并且需要对AT栏有着精确的控制，这里就不介绍了，大多数玩家的玩法应该是这样的：凯文的S技设为星杯领域，开场全员不进行物理攻击，只用“时间加速改”、“星之守护”或是“强音之力”等魔法增加速度、攻击力等等，当对方召唤出七根柱子之后全员使用对应的魔法或是物理攻击柱子，由于七曜危机吟唱时间很长，所以在释放之前保证放出星杯领域即可。队伍中如果有一名拥有全屏S技的队员的话，战斗就会变得很容易（凯文的两个攻击S技和理查德的残光破碎剑都有属性，不能随便使用），记得多用莉丝的“圣洁祝福”给需要CP的队员补充CP。清完柱子之后注意全员时刻有墙，之后物理系冲到前线慢慢砍就能保证获胜。
战斗后漫长的剧情，大家相互告别的剧情非常感人（很多角色从此以后就没有出场了，所以珍惜吧），游戏结束。

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